Orígenes
La historia de este núcleo de población comienza oficialmente en 1405, cuando el rey Enrique III de Castilla hizo construir la primera quinta de caza en medio del Monte de El Pardo. Esta primera Casa Real fue sustituida por un palacio por el rey Carlos I en 1547. Dicho palacio fue sucesivamente ampliado y restaurado hasta su casi completa renovación por Carlos III en 1772, de manos del arquitecto italiano Francesco Sabatini.
En El Pardo vivió durante muchos años el pintor Francisco de Goya Lucientes, en la antigua casa de Postas que se situaba en la plaza del pueblo. Hoy en el lugar que antes ocupaba este edificio se encuentra un establecimiento hostelero, llamado ‘La Marquesita’. El rey Alfonso XII murió en la localidad en 1885.
Guerra Civil
Población ligada desde sus orígenes a la servidumbre del Palacio, El Pardo siguió las vicisitudes de la monarquía española hasta la Guerra Civil, durante la cual el Palacio de El Pardo se convirtió en el Cuartel General de una División del Ejército Republicano, que se desplegó por todo el monte circundante, fortificándolo con construcciones militares (trincheras, búnkeres, refugios, etc.). Todo ello con el fin de evitar ataques de los sublevados, impedir que cortaran las carreteras a los frentes de la sierra e intentasen tomar la capital desde el norte.
Tras la denominada batalla de Madrid (noviembre-diciembre de 1936) y la batalla de la Niebla o de la carretera de La Coruña (enero de 1937), el frente permaneció estable, salvo pequeñas escaramuzas, estando el límite de su primera línea paralelo a la actual carretera de La Coruña, en las mismas tapias del Monte de El Pardo, zona que hoy ocupa la urbanización de La Florida (entonces inexistente), entre Aravaca y Pozuelo de Alarcón.
La proximidad de las líneas de ambos bandos, en algunos puntos de apenas 150 m, y un terreno especialmente apto propiciaron que los dos contendientes utilizaran en esa zona la denominada guerra de minas. Esta técnica militar consistía en la excavación de túneles hasta llegar bajo tierra a puntos fortificados del enemigo, haciéndolos volar con una carga de abundantes explosivos, al igual que ocurrió en el frente de la zona de la Ciudad Universitaria de Madrid. Los combates nunca traspasaron dichos límites, salvo bombardeos esporádicos de la aviación y de la artillería sublevadas sobre el pueblo y posiciones republicanas en el monte.
En el edificio del antiguo orfanato, hoy Cuartel del Rey de la Guardia Real, se alojaron parte de los miembros de la XII Brigada Internacional, que combatieron en la zona de la Ciudad Universitaria y en la batalla de la carretera de la Coruña.
Al final de la guerra, la población se entregó sin lucha, salvo algunos aspectos pintorescos ligados a la sublevación contra el gobierno republicano presidido por Juan Negrín. Esta revuelta fue realizada por el coronel Segismundo Casado (febrero-marzo de 1939), al mando de varias unidades militares que, tras varios días de lucha por el centro de Madrid, terminaron replegándose en el Palacio de El Pardo, produciéndose a los pocos días el final de la Guerra Civil.
Dictadura de Franco
Acabada la guerra, con el triunfo de los sublevados, el palacio pasó a ser la residencia oficial del general Francisco Franco, que lo ocupó desde 1940 hasta su muerte en 1975. El pueblo aumentó ostensiblemente su población durante este periodo, con la construcción de nuevas viviendas y barrios que, como Mingorrubio, albergaron al personal de servicio de la Jefatura del Estado. Fue en esta época cuando el pueblo perdió su categoría de municipio independiente, al ser anexionado por el Ayuntamiento de Madrid. Posteriormente, pasó a encabezar, junto al antiguo pueblo de Fuencarral, igualmente anexionado, el actual distrito de Fuencarral-El Pardo, el de mayor extensión de la capital y, a su vez, el de menor densidad de población. Así mismo durante el tiempo de reocupación de la población por familias militares que provoca un alto índice demográfico que llevó a la instauración de una iglesia en la misma por decisión de Franco para equipararla a cualquier otra zona poblada de Madrid.
Restauración democrática
Desde la restauración democrática, todos los palacios emplazados en El Pardo se encuentran a disposición de la familia real. Son gestionados por un organismo oficial creado al efecto, dependiente de la Presidencia del Gobierno, llamado Patrimonio Nacional. Así, el Palacio de la Zarzuela es la residencia oficial de la familia real, mientras que el Palacio Real de El Pardo añade a su condición de museo la función de servir de residencia a los jefes de Estado extranjeros en sus visitas a España. Otros palacios, como la Quinta del Duque del Arco o la Casita del Príncipe, se encuentran en restauración para abrir de nuevo sus puertas a las visitas públicas.